철학자 박제윤은 공과 대학을 졸업한 뒤 대학원에 진학, 철학박사를 받았다. 인하대, 단국대, 인천대 등에서 강의했으며, 주요 연구 주제는 “과학 발전이 어떻게 가능한지”, 즉 “과학지식의 성장이 어떻게 가능한지”의 과학철학의 인식론 문제이다. 그러한 전통 철학의 문제를 최근 프래그머티즘 철학의 입장에서 찾아보려는 “철학적 자연주의” 혹은 “자연주의 철학”의 입장에 공부해왔다. 특히 그 문제를 뇌과학에 근거하여 대답하려는 “신경철학(neurophilosophy)”을 공부해왔다. 

역서로 『뇌과학과 철학』 (학술진흥재단 2007년 우수도서 선정); 2) 『신경건드려보기: 자아가 뇌라고』, 『뇌처럼 현명하게: 신경철학 연구』 (공역, 문화관광부 2015년 우수도서 선정), 『뇌-중심 인식론, 플라톤의 카메라』, 『생물학이 철학을 어떻게 말하는가』(공역,대한민국학술원 2020년 우수도서 선정), 『현대 자연주의 철학』 등이 있고 저서로 『철학하는 과학, 과학하는 철학』, (1권 과학철학의 시작; 2권 근대 과학과 철학; 3권 현대 과학과 철학; 4권 뇌와 인공지능의 철학) 등이 있다. 주요 논문으로 「이론간 환원과 제거주의」, 「표상의 역할과 제거적 유물론」, 「창의적 과학방법으로서 철학의 비판적 사고: 신경철학적 해명」 등이 있다​